พ.ศ. 2491 ภาควิชาได้จัดตั้งขึ้นในวาระแรกของการจัดตั้งคณะสาธารณสุขศาสตร์ ในมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (มหาวิทยาลัยมหิดลในปัจจุบัน)

 พ.ศ. 2497 ศาสตราจารย์ ม.ล.โสภิต นพวงศ์ จากกรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทย ได้มาดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาสุขาภิบาลวิศวกรรมเป็นท่านแรก

 ปัจจุบันภาควิชาวิศวกรรมสุขาภิบาล มีรองศาสตราจารย์ ดร.โสภา ชินเวชกิจวานิชย์ เป็นหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมสุขาภิบาล และอาจารย์ดวงตา กิจแก้ว เป็นรองหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมสุขาภิบาล และอาจารย์ประจำภาควิชา ทั้งหมดจำนวน 8 คน และเจ้าหน้าที่ในภาควิชาจำนวน 5 คน เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสิ่งแวดล้อม หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาเทคโนโลยี สิ่งแวดล้อม (หลักสูตรนานาชาติ) และ ได้ดำเนินการด้านการเรียน การสอน การวิจัย การให้การบริการทางวิชาการ ด้านวิศวกรรมสุขาภิบาล และ สิ่งแวดล้อมต่อหน่วยงานทั้งภาครัฐและภาคเอกชน และเป็นภาคีหลักของศูนย์ความเป็นเลิศด้านอนามัยสิ่งแวดล้อม พิษวิทยา และการบริหารจัดการสารเคมี